No hay inconveniente en que te quedes con algunas piezas o las que puedas aprovechar.
Sin embargo, el descuace autorizado CAT (es un Centro Autorizado de Tratamiento) y tiene que actuar como tal, procediendo a la descontaminación de los restos de la moto desguazada, y emitir así el Certificado de Destrucción correspondiente dando fe de que ese proceso se ha realizado. Por lo que si sólo le llevas el Número de bastidor, no habrá habido destrucción de la misma y es posible que así no te quieran dar el Certificado de destrucción.
Llévales lo que no puedas aprovechar y ya está, o sino acércate al deguace y coméntalo con ellos, o intenta localizar algún desguace de algún amigo o conocido, o que conozca algún taller mecánico que tu conozcas que te lo pueda hacer como tu quieres.
La baja la gestionan en el desguace automáticamente con Tráfico desde allí y no te cobrarán nada por ello.
Ya nos contarás si conseguiste lo que pretendes.
Salu2