cuando me daran este certificado, cuando me entreguen el vehículo nuevo ?

El Certificado de desguace te lo entregan en el propio desguace al que lleves el coche a achatarrar.
Te lo dan al momento de llevar el coche.

Eso sí, el desguace al que lo lleves debe ser autorizado, no vale cualquiera. Puedes ver todos los autorizados en tu ciudad en este enlace (si no te funcionara avísanos,ok):

Listado Desguaces autorizados

Salu2!

si te lo daría el desguace si lo llevaras tu mismo pero mi caso es que yo entrego mi coche viejo al concesionario y esa es la duda cuanto tiempo me tardaran en dar el certificado de achatarramiento

En ese caso, se lo darán al Concesionario cuando lo lleven a desguazar.

Así que dependerá de cuánto tiempo tarden en llevarlo, ya que el desguace lo entrega al momento que recibe el coche viejo. Así que queda un poco en manos del concesionario el tema.

Cómo es que no te encargas tú mismo de ese trámite? Lo normal es que si el coche viejo ya no está para circular o no tiene ya seguro, el propio desguace te lo pasa a recoger a donde lo tengas con la grúa de forma gratuita. Así que no hay que hacer nada más que pasar por el desguace autorizado a recoger el Certificado de destrucción.

Por otro lado, dependiendo de lo que firmarás en tu contrato, tendrías derecho a que te descontarán la totalidad de las ayudas, y no sólo la de tu Comunidad Autónoma. Echale un vistazo si quieres a:

FACUA alerta sobre irregularidades ante la finalización del Plan 2000E

Salu2!