Efectivamente, al tener el régimen ganancial, las propiedades que se adquiere de forma genérica durante el matrimonio pertenece el 50% a cada uno de los cónyuges, y por lo tanto como mucho se podría deducir el 50% de los gastos e inversión en vivienda habitual.
Ese 50% se aplicaría sobre la totalidad de los gastos de compra venta, y el 50% de las cuotas de la hipoteca (intereses + capital amortizado).
El tema está en que para demostrar que es tu vivienda habitual, sólo te exigiera los recibos de luz, agua... no habría ningún problema (porque eso lo podéis solucionar dándose de alta todos esos servicios), el otro tema es que hacienda permita que un matrimonio tenga 2 viviendas habituales en la misma ciudad, uno para cada conyuge.
Por último, si es fácil o no que os pida explicaciones..., pues en principio si hacéis declaraciones individuales yo pienso que no. Te recomiendo que leas este artículo muy interesante sobre las formas que hacienda pillan a la gente: